臨床部分病人在懷孕之前，或在沒有結婚時，痛經非常厲害，當時醫生診斷為子宮內膜異位症引起痛經，但當懷孕生子後，痛經減輕，醫生也診斷內膜異位症自愈。這是由於子宮內膜異位症是激素依賴型疾病，發病和產生還有症狀持續跟卵巢功能有關係，如果卵巢功能受到抑制，或者是卵巢功能自然消退了以後，理論上來講這些內膜異位病灶會萎縮、吸收。卵巢功能受到抑制的情況有：

1、絕經時卵巢功能受到抑制或卵巢功能消退，絕經分為自然絕經和人工絕經。自然絕經是在最後一次月經到一年後沒有月經，稱為自然絕經。人工絕經是做了卵巢去勢手術，或因卵巢腫瘤做了卵巢切除後，稱為人工絕經。在這兩種情況下卵巢功能都衰退，內膜異位病灶在沒有激素的情況下會自然萎縮、吸收；

2、懷孕，懷孕時卵巢不排卵，對內膜異位症病人來講是非常好的治療方法。所以有些內膜異位症病人做了手術之後，若是有生育要求的病人，醫生建議病人能夠儘快懷孕，因為本身內膜異位症會引起不孕，而且懷孕對疾病是非常好的治療方法，懷孕後異位子宮內膜會萎縮，痛經可能會消失。