由於卵巢位於子宮旁，接觸經血最多，因此子宮內膜異位症最常侵犯的部位為卵巢。超聲下可觀察到卵巢囊腫，其內容物呈磨砂樣、回聲稍強，可稱之為巧克力囊腫，部分患者可出現盆腔疼痛，部分患者無明顯症狀，嚴重可危害生育，引起不孕。無生育需求的患者，定期觀察即可；有生育需求的患者需及時到醫院接受專業治療，必要時需採取輔助方法助孕。