對於腸息肉採取的手術方式，取決於內鏡下腸息肉的大小、形態，可能在肛門進鏡，或做腹部切口。在切息肉前，還會針對息肉在內鏡下的NBI染色、超聲內鏡檢查結果，評估息肉性質，再決定採取合適的治療方案，主要情況如下：

1、內鏡下切除：大部分腸息肉是經過肛門用腸鏡做內鏡下切除，通過息肉黏膜下抬起，經高頻電將息肉進行全套吸引切除。對於直徑在2cm以下的扁平息肉，還可以採用內鏡下黏膜剝離術，即ESD，將腸息肉切除；

2、腹腔鏡切除：部分腸息肉較扁平，累及範圍較廣，甚至做超聲內鏡時會發現病變累及到黏膜下層。此時做內鏡下切除，不容易切進，且容易切穿孔。此時建議外科行腹腔鏡切除，在腹腔鏡下將病變所在腸管切除。