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自然流產孕囊排出時間取決於患者子宮收縮強度。有的患者吃藥以後，分分鐘就可排出，有的患者需要2-3小時，甚至更長時間。自然流產也類似，如果子宮肌肉收縮較好很快就可排乾淨。如果子宮肌肉收縮不好，會持續很長時間，臨床有患者持續幾天甚至幾周。對於這類患者主要是看陰道出血的量，如果量特別多要謹慎不全流產，這時要儘快處理；如果量很少有可能已經流乾淨。所以在臨床不討論時間長短，關鍵是看出血量會不會給患者帶來更多麻煩。
臨床上沒有最有效的自然流產方法。目前終止妊娠的主要方式是人工流產和藥物流產。藥物流產主要用的是米非司酮和米索前列醇。在第1天和第2天，是口服米非司酮。第1次吃的時候，是早晨6點吃50mg，晚上6點吃25mg，第2天還是這種吃法。在第3天的時候，早晨起來6點，可以口服米索前列醇。吃這兩種藥的時候，前後2個小時是不能吃飯的，避免降低藥效。
藥物主要都是促宮縮的，具體用藥、劑量以及天數謹遵醫囑。自然流產的原因大部分是寶寶自身質量不好，優勝劣汰造成，流產後一定要複查彩超，不除外沒有流乾淨導致妊娠組織殘留的情況。平時不要總躺著，應該適當下床活動，重力的作用可以幫助宮腔內積血排出。因為會有惡露，所以一定要注意私處衛生，避免造成感染，一旦逆行感染引起內膜炎、附件炎以及盆腔炎，對以後的懷孕會造成或多或少的影響。
自然流產後流血一週之內屬於正常，如果出血時間比較長，超過十天或者十天以上，不排除不完全流產、宮腔殘留的可能。所以女性如果自然流產後陰道出血量比較多或者流血時間比較長，要及時到醫院進行檢查，經彩超檢查瞭解宮腔的情況，瞭解是否有宮腔的殘留。
自然流產之後一直有出血，提示宮腔裡面有殘留的組織包括積血，甚至子宮收縮不良而引起的淋漓不斷出血。出現這樣的情況要去醫院抽血化驗HCG，看自然流產之後HCG值有沒有恢復正常，也要進行腹部的彩超檢查來判斷一下，子宮腔有沒有存在大面積的殘留組織和積血，根據情況可以口服活血化瘀的藥物，包括消炎藥物避免有感染的傾向。
自然流產後是會出現陰道流血的，一般情況下流血3-7天就會乾淨，下次來月經的時間應該按照自然流產的第1天計算，也就是平常月經是28天1次，在自然流產後的28天左右就會來月經。
女性在懷孕3個月的時候，通常不會出現自然流產，但可能出現先兆流產，或者是稽留流產，甚至還可能出現胚胎停育。這是因為在懷孕3個月時，胎盤已經長出，胎兒生長比較穩定，所以才不會出現自然流產。
正常情況下，自然流產時，患者的陰道流血量如同女性的月經量。胚胎和蛻膜組織排出體外時流血量稍多，如同女性月經量最多時的流血量。如果患者出現陰道流血量超過平時的月經量，出現大量的血塊，半小時到一小時之內需要換一次衛生巾，或者是血液直接順著女性的腿部流出，這種情況就算是大出血。
胚胎停止發育，終止妊娠並不是做人工流產手術，而是做清宮手術。如果等待自然流產，胚胎停止發育之後大約兩個星期才會出現陰道流血，才會出現流產的情況。這麼長的時間，有可能造成凝血功能障礙的情況，所以一旦發現胚胎停止發育，儘快給予清宮手術。