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骶骨脊索瘤的早期症狀為骶尾部或腰部酸、麻、脹、痛，症狀相對侷限，常被誤診為腰椎間盤突出或腰背部筋膜炎。後期該腫瘤會進一步增大，從而壓迫周圍神經導致患者出現大小便失禁、會陰部皮膚感覺障礙、雙下肢麻木等症狀。腫瘤進一步增大則會破壞骨質造成劇烈疼痛，患者使用普通止痛藥不能得到緩解，需要局麻類藥物才能止痛。患者後期還會出現雙下肢麻木無力等情況，如果沒有經過積極治療，則會導致下肢肌肉萎縮。
骶尾部脊索瘤為骶骨骨質內低度惡性的腫瘤，常呈浸潤性生長，導致周圍骨質破壞。另外，腫瘤常包繞周圍血管、神經，從而造成手術切除困難。手術時建議進行廣泛切除，儘量完整切除腫瘤，但該手術會導致患者骨盆不穩，因此需要進行骨盆重建。同時，在不影響腫瘤完整切除的情況下，應儘可能保留至少一側的骶上神經根或一側的骶1至骶3神經根，並且配合術後功能鍛鍊，以最大程度保留大小便功能和性功能。
脊索瘤來源於胚胎組織殘留脊索，雖然是低度惡性腫瘤，但複發率相當高。現在目前的標準治療是手術儘可能乾淨切除腫瘤，加上術後給予高劑量放療，但即使這樣治療處理後，仍有50%病人在5年之內復發。腫瘤一旦復發5年生存率不到10%，預後很差，因此首次治療需 要儘可能控制腫瘤。
質子治療脊索瘤後會復發。任何腫瘤經過放療後，都有可能存在復發。質子治療在治療上，與常規調強的放療不同，質子治療是利用物理學優勢，即利用Bragg峰，因此複發率較常規調強有所下降。
顱底脊索瘤根治率比較低，一般要採取放療、化療等綜合治療提高治癒率。顱底脊索瘤是胚胎殘餘性腫瘤，一般起源於顱骨，手術成功率相對比較低。因為顱底脊索瘤的生長沒有邊界，侵犯範圍非常廣，屬於低度惡性腫瘤，手術很難一次完整切除，需要通過術後放療，抑制腫瘤進一步生長、復發。