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如果腸鏡檢查發現直腸息肉，通常醫生會建議進行內鏡下切除，且切除方式通常需根據息肉大小、位置和數量決定。對於較小單發息肉而言，可通過內鏡下活檢鉗直接鉗除，或者是通過氬氣刀燒凝。對於較大息肉而言，可通過內鏡下黏膜切除術進行治療，即黏膜下注射生理鹽水將病變與肌層分開以後，用圈套器直接高頻電切除，避免損傷黏膜肌層。
切除直腸息肉具體方式，要根據息肉部位和大小來決定。如果息肉體積較小，則術前無需特殊檢查，和做普通腸鏡一樣，只需口服瀉藥將腸道清潔乾淨，然後內鏡下通過活檢鉗鉗除或者氬氣刀燒凝進行治療，術後休息24小時即可。如果息肉體積較大，則需要住院治 療，且術前要化驗患者血常規、凝血功能。
大便有拉不乾淨要區別對待。有便意並不等於一定有大便在直腸裡，有便意可能是有大便刺激或其它炎症或腫瘤或息肉，會對黏膜造成刺激，有排便意向。最常見的如直腸黏膜脫垂、直腸炎症、直腸息肉、直腸腫瘤等；盆腔炎症也會刺激直腸黏膜，經常有便意；直腸肛竇敏感性下降；排便過程中需要多個肌肉來共同協調，包括肛提肌、肛門括約肌，如果肌肉運動不協調，可能會造成排便不正常，可能會有頻繁便意，排不下來等症狀。
直腸息肉為0.3cm，可以在活檢中直接鉗除。一般發生於直腸的0.3cm的息肉都是良性息肉，不會有任何症狀，且病理類型主要以增生性息肉為主，其癌變率極低。所以可以隨訪觀察，1-2年後進行復查，如果沒有變化，則無需處理。如果切除後病理結果顯示為腺瘤性息肉，則再復發後需要在 內鏡下切除。
發現直腸腫物或直腸便血，不一定是直腸癌。直腸腫物可能會有直腸腺瘤、直腸息肉，痔瘡有時也會形成腫塊，導致病人便血。所以患者在發現有直腸腫物的時候不要恐慌，應該到正規的醫院進行進一步的檢查。
如果出現大便帶鮮血，但是沒有明顯疼痛，常見於痔瘡或肛裂，一般和大便乾燥、便秘相關。如果出現這些情況，首先建議患者到肛腸外科進行檢查，除外痔瘡以及肛裂情況。如果存在以上情況，可根據肛腸外科醫生的建議，選擇是否需要進行手術治療。
直腸息肉如果診斷明確，建議及時進行手術切除，直腸息肉主要的臨床表現是便血和輕微腹痛，但是腹痛一般不明顯、不典型，主要以便血為主，如果息肉較小，有時便血會不明顯。在對直腸息肉的診斷中，腸鏡檢查是最為直觀有效的方法，通過腸鏡可以觀察直腸及 全結腸內是否出現不明的新生物，尤其是息肉類病變。雖然息肉病變屬於良性病變，但是如果不及時處理，長期的腸道息肉，有一部分會有惡變傾向，尤其是家族性的結腸息肉，大多數都可以在一段時間以後轉變為惡性。
如果臨床上通過腸鏡發現直腸息肉，醫生一般建議進行小手術。手術分為兩種，一般較小的息肉通過內鏡即可切除。還有一種是相對比較大的息肉，通過肛門擴張器，手術室的外科醫生在直視下將息肉切除。
直腸息肉惡變是癌症。直腸息肉屬於良性疾病，一般對於比較小的息肉可以在內鏡下切除，如果處理不及時可能發生癌變。直腸息肉惡變屬於較早的直腸癌，如果腫瘤僅侵犯黏膜層，並且腫瘤比較小，可以做局部切除。但是前提一 定要明確侵犯在侷限黏膜層，並且明確病變沒有淋巴結轉移。