巧克力囊腫合併CA125的升高，不能根據的CA125來判斷巧克力囊腫是良性還是惡性的。巧克力囊腫本身是一個良性的腫瘤，往往會伴有CA125的升高。CA125是一個腫瘤標記物，除在一些上皮性的腫瘤CA125可以升高以外，在一些其他情況下也會出現CA125的升高，例如月經期懷孕時出現炎症，也會出現CA125的輕度的升高。對於巧克力囊腫來說，CA125也會有升高，但是CA125的敏感性和特異性比較低，所以不作為巧囊診斷的唯一標準，也不把它作為巧克力囊腫良惡性的區分診斷標準。