卵巢巧克力囊腫也就是卵巢子宮內膜異位囊腫，目前沒有什麼特效藥，主要是用藥物來控制生長和減少。卵巢巧克力囊腫引起的臨床症狀，可以口服避孕藥或者是肌注GnHRa藥。GnHRa肌注的藥物也不能夠長期的使用，一般只能使用3-6個月，在用藥的過程中可以有效的控制卵巢巧克力囊腫的生長，但是往往在停藥以後，由於來月經還會繼續的生長。可以用些中藥，如散結鎮痛、止痛化瘀膠囊，來治療因為卵巢巧克力囊腫引起的痛經。當卵巢巧克力囊腫長大以後，或者由於卵巢巧克力囊腫引起不孕症，這個時候往往需要手術治療。