卵巢巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種，子宮內膜異位症包括巧克力囊腫、盆腔子宮內膜異位結節，以及子宮腺肌症。卵巢巧克力囊腫是經血逆流導致，經期會有經血逆流，如果逆流的經血種植在卵巢表面，定期剝脫、出血，逐漸增大就會形成巧囊，這與女性的特殊體質相關，因為大部分女性都有經血逆流，只有少部分女性才會出現巧囊。
對於卵巢巧克力囊腫要採取手術治療，多選擇巧囊剝除術，剝除之後因為還有經血逆流，有時還會復發，所以對於不要求保留生育能力者，也可以巧囊剝除的同時行子宮切除，可以大大降低巧囊復發的概率，甚至可以行全子宮加雙附件切除，就不會再有復發，但也有一定的弊端。