巧克力囊腫如果是直徑>5cm，有手術指徵就需要做手術。一般選擇微創的手術腹腔鏡，把卵巢的巧克力囊腫剝除，術後還要給予長期的規範化管理，否則巧克力囊腫很容易就復發。當巧克力囊腫很小的時候，直徑<5cm，甚至是2-3cm的時候，不需要手術，這時候建議患者積極懷孕。首先懷孕對巧克力囊腫也是治療的過程，因為10個月都不來月經、不排卵，子宮內膜內有可能會萎縮掉。
巧克力囊腫又叫子宮內膜異位囊腫，它的發病原理是由於宮腔裡的子宮內膜異位到卵巢上，宮腔裡的內膜每個月來月經的時候會脫落，會出現陰道出血。異位到卵巢上的子宮內膜也會發生脫落出血，但是它這個血因為出不去，在盆腔裡、卵巢上逐漸形成血包，血包時間長了，含鐵血紅素就會增多，會出現巧克力樣顏色，叫做巧克力囊腫。