卵巢巧克力囊腫發生的惡變概率比較小，它發生惡變的症狀和普通的卵巢囊腫發生惡變的症狀是一樣的，會在短時間內囊腫迅速的長大，伴有不規則的陰道的出血，伴有腹脹、腹痛，甚至會有腹水。特別要注意的是在絕經以後，一般有卵巢巧克力囊腫病史的病人的囊腫會縮小，如果絕經以後卵巢巧克力囊腫不縮小，反而增大，這個時候要高度可疑有惡變的可能性。可以通過腫瘤標記物的檢查、B超的檢查，和其他影像學的檢查幫助診斷。所以發生了卵巢巧克力囊腫，患者一定要定期的複查，必要的時候要進行手術治療。