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肛瘻症狀引起有大便出來的現象，表明病情已經相當嚴重，需要及時通過手術的方法進行治療。目前臨床醫學上主要採用手術切開引流的方法進行治療，通過手術將瘻管切開使裡面的分泌物以及膿液充分流乾淨，然後進行徹底消炎，之後進行結紮縫合。
肛瘻手術不是一定必須切除瘻管，因為肛瘻的手術方法有很多，只有肛瘻切除術才要求在手術中將瘻管全部切除。而其他肛瘻手術方式就不一定要將瘻管全部切除，例如臨床常常採用的肛瘻切開術，就只需要將瘻管切開就可以，切開後讓瘻管裡面的腐肉組織慢慢脫落，然後正常組織再慢慢生長，這種情況不需要切除瘻管。
肛瘻手術以後早期傷口流血屬於正常現象，局部肛瘻感染灶屬於汙染性傷口，流出液體屬於傷口自潔功能，是傷口自行排液過程，可以及時將局部汙染物排出體外，從而進一步促進傷口局部新鮮肉芽組織增生，肉芽組織生長，加速癒合，這種情況一般需要2周左右的時間，期間要注意做到傷口的充分引流。
肛瘻術後大便不成形與患者的飲食以及運動都有直接關係，因為術後患者運動量比較少，腸蠕動也相對比較差，而且飲食方面一般會以清淡流質食物為主，所以大便很難成型。對這種情況也不需要特別的處理，注意好肛周部位的清潔，創面的清潔護理、換藥，避免感染髮炎就可以。
如果病人對獼猴桃不過敏，可以適當吃獼猴桃，但不要一次吃太多。因為肛瘻手術，對胃腸道消化功能影響較小，術後胃腸道的消化功能基本接近正常。獼猴桃富含維生素C，並且含有大量水解酶、纖維素，具有潤腸通便、清熱降火的功效，可以有效防止便秘。但需要注意的是肛瘻手術後的傷口臨近肛門，且手術傷口相對於其他肛周手術範圍會更大，傷口可能更深，恢復起來較為緩慢，手術過後不能很快癒合，容易殘存傷口。
肛瘻手術之後1-2天的時間就可以恢復正常飲食，理論上這個時候就可以吃牛肉，但是肛腸科大夫建議患者術後1周多吃蔬菜、水果，飲食清淡一些。因為術後1周的時間多吃富含高纖維的蔬菜和水果，可以形成比較鬆軟、規律的大便，這樣可以減少對術後創面的刺激，減輕患者術後的疼痛，可以促進傷口儘早的癒合。
肛瘻手術之後，7-10天就開始長新鮮的肉芽。肛瘻手術之後傷口完全恢復，肉芽全部長平整，需要一個月到一個半月。如果是肛瘻位置特別高、特別深，手術以後創口特別大，患者傷口完全長好，可能要兩個月左右。肛瘻手術之後，一個星期開始長新鮮的肉芽，最主要的就是要每天堅持換藥。每天解完大便之後坐浴，把屁股洗乾淨，然後找醫生換藥，基本上是保證一天最少要換一次。肛瘻手術之後換藥佔到整個治療過程的50%，非常重要。