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手術後通過溫水坐浴可起到消炎、止疼、清潔的作用，內口不必清洗，在手術後需要使用碘伏擦拭消毒，並給予清創使用生理鹽水清洗，可避免手術後感染，多數患者需要15-21天的左右時間癒合。
肛瘻假性癒合主要是在肛瘻手術之後，創面癒合的過程中存在空腔，此時表皮的肉芽已經完全長好，在創面上可能會出現水泡或者破潰等現象，嚴重時可能會出現肛門脹痛。因為空腔內的分泌物積累過多，就容易引起脹痛。對於此種情況，需要進行探針探查，再切開進行重新癒合，換藥處理。
肛瘻手術後大便太痛是很正常的。因為肛瘻手術切口是敞開的，不能進行縫合，否則，大便經過縫合的地方會引起感染，不利於清洗，肛瘻手術敞開的地方，也就是大便通過的地方，疼痛很正常。
肛瘻的橡皮筋掛線，一般用於高位複雜性肛瘻的手術當中，一般手術當中在外部潰口做一個切口，然後一直把它切到肛門括約肌以下，然後用探針或者彎鉗沿瘻道繼續往裡探，看到內口後由內口穿出，從肛門放入橡皮筋，由彎鉗經內口牽拉出來，然後彎鉗收緊兩端鉗下10號絲線打結，把橡皮筋收緊。
對於肛瘻的患者，特別是高位複雜性肛瘻的患者，瞭解瘻管的走行方向以及尋找到內口是手術成敗的關鍵。所以給肛瘻的患者，特別是高位複雜性肛瘻的患者做核磁共振，可以幫助大夫瞭解肛瘻的瘻管走形，儘可能找到內口的位置，可以提高診斷水平和手術的治癒水平。