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如果有巧克力囊腫，可以通過中醫來作為輔助治療手段，可以改善患者病情。如果只通過中醫治療，很難達到根治的目的，如果巧克力囊腫直徑達到或者超過3cm要進行手術治療，通過中醫進行保守治療很難達到根治的目的。
卵巢巧克力囊腫微創手術費用在15000塊錢左右。包括從住院到出院的費用，不包括術後出院複查的費用。醫院的級別不同，收費標準是不一樣的，比如二甲醫院和三甲醫院同樣的微創手術，三甲醫院會稍微貴一些，二甲醫院會便宜一些。
所謂子宮內膜異位症，是指具有正常功能的子宮內膜的腺體以及間質出現在宮腔以外的其他地方。根據其發生的部位，主要的表現形式有兩種：第一種是卵巢巧克力囊腫：第二種是子宮腺肌病。卵巢巧克力囊腫對身體的危害主要有以下三點，第一點是痛經，第二點是盆腔包塊，第三點會引起不孕症。
存在卵巢巧克力囊腫，如果囊腫的直徑比較小，小於3cm，而且臨床症狀比較輕，只是輕度的腹痛，這種情況可以正常的備孕，因為卵巢巧克力囊腫體積比較小，對卵巢功能的影響相對比較小，基本排卵是正常，建議積極的備孕，在懷孕期間，由於不來月經，卵巢巧克力囊腫也有可能逐漸的萎縮。
子宮內膜異位症五年的複發率大概在40%左右，年複發率大概在20%左右。巧克力囊腫就是卵巢的子宮內膜異位症，這部分病人年復發的機會在20%左右。這部分病人為了防止復發，即使她做完手術了，仍然要告知她復發的機會和可能，並採取一些措施和治療，防止復發的發生。如果病人想生孩子，要趕快爭取在復發之前解決生育的問題。我們會在術中進行評估，看巧克力囊腫的評分，根據她的評分和生育功能來判斷，是術後用藥後自然懷孕，還是直接進入到輔助生育技術這一個階段。
如果患有卵巢巧克力囊腫的患者已經懷孕，只能定期複查、隨診觀察，但這是指卵巢巧克力囊腫比較小的情況。如果在早孕期就發現卵巢巧克力囊腫，而且小於5cm，沒有什麼症狀，可以隨診觀察，定期複查就可以。
有一些比較緊張的病人一發現有巧克力囊腫，醫生，這個囊腫會不會癌變呢？我們會對這部分病人進行解釋：總的來說，巧克力囊腫的癌變率並不高，只有1%，也就是100個病人可能會有1個病人發生癌變的情況。在什麼情況下容易發生癌變呢？不是說所有的病人都會有的，有一部分高危因素和高危人群，這部分人如有這些情況，她可能會出現癌變的可能：
子宮內膜巧克力囊腫，可以通過手術的方式和藥物的方式來進行治療，例如子宮內的巧克力囊腫如果是在三公分以上，是沒有辦法進行藥物來進行治療的。儘可能還是要通過腹腔鏡下的巧克力囊腫撥出手術，幫助把囊腫剝除。然後再進行手術，用藥物例如醋酸戈舍瑞林緩釋植入劑來進行預防巧克力囊腫的復發，它的復發幾率會非常高，會存在有20%-40%的幾率。
巧克力囊腫穿刺的費用大約需要3000-4000元左右，不同的醫院收費會有所不同，不同的地區收費標準也會有所差異。一般情況下，巧克力囊腫術前要常規進行一些檢查，要行彩超檢查，瞭解囊腫的大小以及位置；行白帶檢查，瞭解有無陰道的炎症；行血常規檢查、傳染病的檢查、心電圖的檢查以及凝血四項的檢查。如果檢查沒有異常，巧克力囊腫是在超導監測下行囊腫的穿刺手術，事先要設計好穿刺路徑，避開腹腔的大血管以及腸管。