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肛周膿腫可以用紅黴素軟膏，但是治療效果較小，一旦出現肛周膿腫，需要選擇手術治療，藥物治療療效有限，外用的抗生素效果有限，即使輸液、口服抗生素，對於肛周膿腫療效也有限。
肛周膿腫的高低主要在於膿腫位置離肛門的遠近，離肛門口越近，表示肛周膿腫位置越低，離肛門口越遠表示位置越高，也可以理解為距離肛周皮膚的遠近問題。從醫學角度而言，肛周膿腫的位置如果處於肛門括約肌的中上部，則屬於高位膿腫，如 果在肛門括約肌的中下處，則屬於低位膿腫。
肛周膿腫是較小的手術，手術完以後不需要住太多時間，大醫院床位較緊張，肛周膿腫手術後，3天左右就可以出院。因為肛周膿腫手術以後，前1-2天要在醫院裡換藥，用油紗布填塞，主要是防止出血，3天以後出血不會發生，這時可以回家，到門診換藥或者回家自己 換藥。
肛周手術主要是切開引流，手術很小，如果是住院，一般2-3天可以出院，術後傷口完全癒合至少要2周時間。如果恢復工作、生活，肛周膿腫切開以後雖然有傷口，但可以恢復工作，因為肛周膿腫傷口會逐漸癒合。
肛周膿腫指膿腫發生於肛門周圍軟組織或組織間隙疾病，主要表現為肛門周圍的腫痛，包括化膿或者穿透流膿等，往往是繼發於肛周的肛竇感染、毛囊炎或者是軟組織炎。因此要根據具體情況選擇用藥，具體如下：
肛周膿腫主要是肛門的皮膚下有膿包，如果採取治療措施，即把膿包切開引流膿液或等膿腫自己破後膿液流出，會慢慢好轉。肛周膿腫形成的原因主要是肛門裡發生破潰，糞便殘渣通過破口進入到皮下，由細菌感染以後形成 膿腫，如果外口破了或者切開以後，內口沒有完全長好，將來很有可能再次形成肛瘻，從而可能再次發生肛周膿腫。
肛周膿腫一旦發生，需通過手術治療，如果早期進行手術治療，絕大部分可以治癒。如果為高位膿腫比較複雜，存在反覆發作的可能。肛門膿腫手術後，到底需要多長時間恢復，要根據具體情況具體分析，因不同手術方法癒合時間不同。
肛周膿腫應根據患者具體情況，選擇合適的治療方案。肛周膿腫主要是針對致病菌，使用有效的抗生素治療。臨床的抗菌藥物包括青黴素、卡那黴素、頭孢類藥物等，可以聯合消炎止痛、外敷膏藥等輔助治療。此外可使用高錳酸鉀溫水坐浴。若出現膿腫破潰，可使用溫鹽水或甲硝唑水沖洗。膿腫經保守治療無效後可行手術治療，將膿腫切開引流或掛線治療。