新生兒苯丙酮尿症因為屬於遺傳代謝病，目前還沒有方法能夠根治此病。但此病可以通過早期篩查，早期診斷和治療，並且此病治療預後也比較好，能夠像正常人一樣生活，與正常人無異。患者要嚴格遵循醫囑，控制飲食，但是不能根治，可以早期給予干預和預防。

因為苯丙酮尿症屬於遺傳代謝病，遺傳病還會傳給下一代，但是可以避免其症狀的出現，飲食上給予治療，醫生嚴格給出治療方案，可以避免智力障礙的發生。