顱底凹陷症如果產生相應症狀，治療方法以手術為主。手術方法是讓縱向脫位能夠拉伸開，經常在手術之前或術中進行顱骨牽引，讓凹陷能夠在縱向脫位基礎復位。進行相應減壓和固定，一般是把枕骨和頸1、頸2脊柱固定，進行枕頸融合、復位、減壓緩解患者症狀，治癒顱底凹陷症、寰樞椎脫位等顱頸交界區畸形等疾病。

顱底凹陷症是顱底結構往顱內凹陷，頂壓顱內結構，產生相應症狀，例如壓迫延髓、脊髓、小腦，或壓迫後組顱神經，如舌咽、迷走、副神經和舌下神經，引起相應運動功能、感覺功能，甚至吞嚥困難、聲音嘶啞、飲水嗆咳等相應症狀。顱底凹陷一般合併寰樞椎脫位，即第一頸椎和第二頸椎關節發生脫位，顱底凹陷是指顱腦相對於脊柱縱向脫位。