顱底凹陷症可以治癒，其屬於顱頸交界區畸形。顱頸交界區畸形一般存在寰樞椎脫位、寰椎枕化畸形、顱底凹陷症，甚至齒狀突遊離小體等情況。顱底凹陷症是脊柱第一頸椎、第二頸椎脫位，尤其第二頸椎，稱為樞椎齒狀突往顱底凹陷，往上頂壓延髓和頸髓，產生一系列症狀。

顱底凹陷症的治療首先要恢復顱頸交界區正常解剖結構，手術前或手術中會進行縱向牽引，讓顱骨和頸椎之間牽拉復位，復位到正常解剖位置以後，進行固定和減壓措施。目前治療方案一般進行枕頸融合固定，用枕骨板、鈦合金釘子、釘棒系統把它固定。

所以，顱頸交界區畸形，尤其顱底凹陷症需要進行減壓、復位、固定，以緩解患者症狀，顱底凹陷症完全有機會能夠治癒。