慢性結腸炎常見用藥如下：

1、特異性用藥：如炎症性腸炎、白塞氏病、淋巴瘤，可以導致慢性結腸炎，常見特異性疾病需要攝入特殊藥物，如5-氨基水楊酸、柳氮磺吡啶。克羅恩病、潰瘍性結腸炎可以應用腸道益生菌調整腸道免疫環境，包括枯草桿菌、地衣芽孢桿菌、雙歧桿菌等。如果患者處於炎症性腸病急性發作期，還需要應用激素類藥物，如類固醇類藥物，嚴重時需要用到免疫抑制劑，如環孢素等以及生物製劑，但生物製劑通常不經口攝入，是靜脈或者肌肉注射；

2、非特異性用藥：可以只選擇益生菌，如果大便裡帶白細胞、化膿球菌，考慮是感染性結腸炎。反覆慢性結腸炎在急性期時，可以間斷用抗生素，針對腸道的喹諾酮類，如拜覆樂(鹽酸莫西沙星片)、可樂必妥(左氧氟沙星)，在不用抗生素時，可以加用腸道益生菌。