結腸炎屬於一大類疾病，根據不同病因診治有所不同。如果是急性表現，可能單獨抗菌藥物即可較好緩解，若反覆發作則需明確診斷，以免出現嚴重併發症。主要內容如下所示：
1、急性感染性結腸炎：即菌痢，當進食不潔飲食後，可能出現腹瀉、大便帶血，急性期可給予抗生素治療，可能3-5天后症狀明顯緩解；

2、非特異性炎症性腸病：包括潰瘍性結腸炎、克羅恩病，潰瘍性結腸炎的治療屬於慢性過程，根據疾病輕重不同有所區別。輕度患者可用美沙拉秦治療，重度患者可能需要糖皮質激素甚至生物製劑以及免疫抑制劑治療，初發患者可能需要3-5年，重度患者甚至需要終身維持治療。潰瘍性結腸炎的臨床表現為反覆發作腹痛、腹瀉、大便黏液、膿血便，此類患者用抗生素治療，可能導致疾病加重。

醫生需通過臨床表現，結合內鏡下表現綜合診斷，如急性腸炎均為一過性，症狀緩解時做結腸鏡均正常。潰瘍性結腸炎常表現為腸黏膜充血、水腫、糜爛，而且病變是由直腸開始向上發作。