克羅恩病與潰瘍性結腸炎統稱為炎症性腸病，在臨床上非常多見，二者鑑別比較困難，具體如下：

1、病變部位：克羅恩病是全腸道病變，又稱為節段性腸炎，即從口腔到肛管都可以發病，且屬於跳躍性改變。潰瘍性結腸炎只發生在結腸，即病變不會侵及小腸、胃和食管，不是全腸道病變，只是大腸黏膜改變，從直腸起病即先發生直腸炎，再出現乙狀結腸炎、降結腸炎，逐漸向近端蔓延，個別情況也可以出現直腸沒有炎症；

2、侵及部位：克羅恩病在腸道黏膜上可以發現口瘡樣潰瘍，這種潰瘍可以非常深在，即病變侵及腸壁全層。潰瘍性結腸炎只侵及到大腸黏膜，即病變沒有侵及到腸壁全層；

3、化驗檢查：潰瘍性結腸炎會有隱窩膿腫，克羅恩病可以是肉芽腫性炎症，即出現非乾酪性肉芽腫。

如果在臨床上做腸鏡，發現跳躍性病變，高度懷疑是克羅恩病。如果是連續從直腸向近端蔓延的炎症，更懷疑是潰瘍性結腸炎。具體的鑑別需要進行相關的檢查，如消化道造影、腸鏡、病理學檢查等綜合的判斷和診斷。