結腸炎應根據病因、臨床表現、嚴重程度來制定治療方案。常見的急性普通結腸炎以對症治療為主，發熱超過38.5℃以上可以退熱，腹瀉嚴重者可以止瀉治療，血檢或糞檢提示感染，可以進行抗感染治療。如腹瀉次數多，且是水樣便，易出現脫水、電解質紊亂等情況，建議通過補充液體和電解質來糾正水電解質紊亂。大部分結腸炎通過治療後能夠得到很好的緩解。

輕癥結腸炎可能注意清淡飲食、讓腸道得到休息，也能自行修復。修復過程中應避免過早添加油膩、生冷、刺激食物，補充益生菌，對腸道恢復有一定幫助。