美沙拉嗪主要是治療潰瘍性結腸炎，主要用於輕度潰瘍性結腸炎的誘導治療，以及中到重度潰瘍性結腸炎的維持治療。美沙拉嗪一旦用於潰瘍性結腸炎的治療，需要長期使用。初發病例，且侷限於直腸型患者，有停藥可能，但是有可能需要服用3-4年時間，對於反覆發作的潰瘍性結腸炎患者，甚至需要終身進行治療。應用美沙拉嗪的治療過程中，應該定期監測血常規和肝腎功能，明確是否發生藥物副作用。

總體而言美沙拉嗪藥物比較安全，多數患者沒有出現明顯副作用。如果潰瘍性結腸炎患者隨便停藥會導致疾病反覆，甚至疾病加重，從初期的直腸型、乙狀結腸型可能演變為全結腸型。所以診斷為潰瘍性結腸炎後要在專科醫生的指導下規律用藥，對於全結腸型潰瘍性結腸炎患者，如果炎症控制不好，患結腸癌的幾率會明顯增加，但美沙拉嗪的維持治療可以降低結腸癌的發病率，所以要在醫生指導下規律用藥。