根據結腸炎發病情況可以分為急性和慢性結腸炎。急性結腸炎多為細菌性和缺血性，給予抗感染、修復黏膜、補液、改善循環等治療後1-2周可以治癒。慢性結腸炎多為潰瘍性結腸炎，需要長期服藥治療，一般3-5年甚至終身服藥維持臨床緩解，少數患者存在反覆發作。疾病活動期病情急性發作，採用氨基水楊酸、激素、生物製劑等誘導緩解，一般1-2周可控制病情，誘導病情緩解之後需要長期服藥維持臨床緩解。

出現嚴重併發症例如中毒性巨結腸、大出血、穿孔、癌變者需要手術治療，不及時有效治療可危及生命。部分患者長期腹瀉或便秘、腹痛症狀反覆，但腸鏡檢查無明顯異常者，其它檢查例如腹部CT、血糖、甲狀腺功能等檢查均正常，屬於腸易激綜合徵。可以給予調節腸道動力、調節腸道菌群、改善焦慮情緒等對症治療，需要長期治療。