結腸鏡能夠迅速觀察到肛管、直腸、乙狀結腸、迴腸、回盲部的黏膜狀態，可以進行活體病理檢查。結腸鏡主要用於以下幾方面的檢查：

1、可用於不明便血或持續性糞便潛血檢查陽性；

2、出現下消化道症狀，如慢性腹瀉，長期進行性便秘或大便習慣改變，出現腹痛、腹脹等診斷原因不明的患者；

3、X線鋇餐檢查陽性，懷疑回盲部或結腸病變但不能確定病變性質者；

4、X線鋇餐檢查陰性，但有明顯腸道症狀或懷疑惡變者，如低位腸梗阻及腹部包塊無法排除結腸疾病者；

5、不明原因消瘦、貧血者；

6、需要進行乙狀結腸鏡檢查，例如結腸息肉切除止血，乙狀結腸扭轉或腸套疊復位等；

7、結腸切除術後需要檢查吻合口的情況。