慢性結腸炎是指乙狀結腸炎症，乙狀結腸處於結腸末端緊鄰直腸，因此發生炎症可以採用局部治療。根據病因如果屬於潰瘍性結腸炎，可採用美沙拉秦灌腸液治療，還可以加用美沙拉秦口服或使用柳氮磺吡啶。目前常用美沙拉秦，和柳氮磺吡啶是同類藥物，都屬於氨基水楊酸類。美沙拉秦價格昂貴，副作用較少。柳氮磺吡啶價格便宜，但副作用較多。

局部治療可以採用激素以及中藥灌腸，如果局部配合口服氨基水楊酸類治療效果不佳，需要激素類口服或靜滴。效果還是較差需要使用免疫抑制劑，例如硫唑嘌呤或6-巰基嘌呤，或使用生物製劑如英夫利昔單抗等，病情緩解後需要維持治療。