結腸炎藥物的治療取決於病情嚴重程度。根據病情嚴重程度可將潰瘍性結腸炎分為輕度、中度、重度。最常見且易治療的是輕度、中度潰瘍性結腸炎，而重度潰瘍性結腸炎的患者需要住院治療，病情穩定後的治療方案與輕度、中度潰瘍性結腸炎類似。

治療潰瘍性結腸炎的藥物目前多用5-氨基水楊酸，又稱美沙拉嗪，以取代不良反應較多的柳氮磺吡啶，是治療中誘導期和維持期首選治療藥物。具體使用的方式、劑量與疾病的分型、分度有密切的關係，必須遵醫囑用藥。

對於輕度、中度潰瘍性結腸炎患者，在活動期可口服美沙拉嗪作為一線藥物誘導緩解，並及時補充葉酸，維持3-5年或長期維持。