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潰瘍性結腸炎屬於炎症性腸病的範疇，是由自身免疫介導的慢性腸道炎症性疾病，和日常理解的細菌性痢疾或急性胃腸炎，由於感染性因素導致的炎症有所不同，所以發生炎症和急性細菌感染無關。因此在治療時不會常規採用抗生素類藥物進行治 療，潰瘍性結腸炎患者在臨床上出現反覆發作黏液血便，部分患者會伴有腹痛、發熱，甚至出現四肢關節疼痛、結膜炎等，腸道外的相關表現。在進行結腸鏡檢查過程當中，會發現患者的直腸、乙狀結腸、全結腸出現連續性炎症性改變，包括黏膜充血、水腫，以及糜爛、潰瘍形成，病變以直腸較為突出，呈連續性分佈。
潰瘍性結腸炎應用激素的時間，取決於對激素治療的反應程度。激素的用藥時間，取決應用激素後潰瘍性結腸炎症狀的緩解程度。如果用激素後，不能夠得到緩解，需要及時轉換治療。通常為3-5天或3-7天的時間，來判斷對激素的反應。 如果效果好可以持續用，如果效果不好，需要及時轉換成其他有效藥物進行治療。
潰瘍性結腸炎需要長期服藥治療，潰瘍性結腸炎通常根據炎症部位、波及範圍進行診斷，通常分為直腸、左半結腸、全結腸炎症。也可根據腸炎初發型或復發型分為輕、中、重不同的程度，從而選擇具體的治療藥物，具體治療如下 ：
美沙拉嗪主要是治療潰瘍性結腸炎，主要用於輕度潰瘍性結腸炎的誘導治療，以及中到重度潰瘍性結腸炎的維持治療。美沙拉嗪一旦用於潰瘍性結腸炎的治療，需要長期使用。初發病例，且侷限於直腸型患者，有停藥可 能，但是有可能需要服用3-4年時間，對於反覆發作的潰瘍性結腸炎患者，甚至需要終身進行治療。應用美沙拉嗪的治療過程中，應該定期監測血常規和肝腎功能，明確是否發生藥物副作用。
中醫對慢性結腸炎具有很好的治療效果，根據結腸炎的辨證分型，主要還是屬於脾虛溼盛。現在隨著人們的生活節奏加快，飲食方面也是快餐飲食，油炸、煎烤的食物攝入較多後，容易生溼生熱。所以在外溼和內溼相互交雜的過程中，溼熱和寒 溼體質明顯具有一定比例優勢，很多人都是屬於溼盛型體質，在體質的基礎上發生慢性結腸炎的可能性會大大增多。
先天性腸道狹窄和閉鎖常見於患者發育過程中發育不良，在腔管形成過程中出現異常導致。常見於空腸和迴腸，結腸較罕見，發生率為0.01%-0.1%。先天性狹窄和閉鎖通過球囊無法解決，由於器質性疾病仍然存在，狹窄會繼續存在，需通過外科手術或介入方式解決。由於先天性腸道閉鎖和狹窄的患兒需進一步發育和成長，因此只能通過外科手術切除，才能徹底解決問題。
常規結腸鏡檢查前，一般叮囑患者三天前避免食用帶皮、帶籽類食物，如紅棗、紅豆、火龍果、獼猴桃、木耳、黑芝麻等；避免食用富含纖維素類食物。便秘患者檢查前每天服用通便藥，保證每天大便通暢。對於存在不完全性腸梗阻可能的患者首先進行灌腸，將大便排出後再進 行清腸。目前常用清腸藥物包括兩種，即滲透性清腸藥物及膨脹性清腸藥物。滲透性清腸藥，如甘露醇、硫酸鎂，但此類藥物易將部分組織液吸收入腸道中，引起組織液丟失，易引起血液粘稠度增加；膨脹性清腸藥較常用複方聚乙二醇，該方法比較安全，不丟失自身體液，但飲水量較大。
結腸炎臨床上分成輕度、中度和重度，輕度結腸炎一般有腹瀉，大便3次以下，每天如此，但大便的形態不正常，是不成形便，甚至有時候帶著膿血。用結腸鏡可以看到腸黏膜充血，或者輕度的糜爛，甚至有少量的潰瘍。中度結腸炎大便次數一般4-5次之間，這時候大便有膿血，結腸鏡檢查可以看到比較多的潰瘍，甚至可以看到出血。病變的範圍可以是整個結腸，也可以是直腸和乙狀結腸。重度結腸炎除了大便次數超過5次以上以外，還會有中毒症狀，大便次數都是五次、十幾次，甚至幾十次大便，每天如此，可以出現高燒、衰竭、體重逐漸下降。此時臨床治療非常困難，而且病人會很快衰竭，病情非常嚴重。所以結腸炎是否嚴重需根據患者具體病情而定，不可一概而論。