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十二指腸潰瘍的治療首先從基礎治療開始，要注意生活飲食、起居狀態；要避免辛辣、刺激、不規律飲食；避免過於油膩的飲食，因為過於油膩的飲食對胃酸的分泌有刺激作用。如果起居不規律、熬夜、日程排得很滿，對於潰瘍的癒合也都 是不利因素。
晚上發生胃痛，也要清楚到底是哪種原因導致。夜裡胃痛是十二指腸潰瘍的症狀，也可能並沒有發生潰瘍，只是胃酸分泌多的相關症狀。在這時可以吃中和胃酸或抑制胃酸分泌的藥物，可能會很快緩解症狀，如鋁碳酸鎂或奧美拉唑、雷貝拉唑等，這些藥物都抑制胃酸分泌， 可以快速緩解這些症狀。如果家裡沒有這種藥，胃酸時也可以吃鹼性食物或飲料，如碳酸水、蘇打餅乾等。
十二指腸球部潰瘍的治療主要是去除病因、控制症狀，促進潰瘍癒合，防止復發和併發症。所以幽門螺桿菌感染的患者要做根除幽門螺桿菌的治療，可以選用質子泵抑制劑聯合兩種抗生素和鉍劑。其次可以選用制酸藥或者質子泵抑制劑，如奧美拉唑、泮托拉唑等來抑制胃酸分泌，同時可以使用鋁碳酸鎂等抗酸劑保護胃黏膜，促進潰瘍修復。同時還要適當休息，減輕精神壓力，改善飲食規律，戒菸戒酒，少飲濃茶、咖啡、碳酸飲料，以及辛辣刺激性食物。
十二指腸潰瘍與酸增多或者鹼過多相關，是消化道黏膜酸鹼失衡與黏膜保護性減弱造成的損傷。當酸過多時要減少酸，質子泵抑制劑或者抑酸劑可減少胃酸分泌，達到減少胃酸的目的。
十二指腸潰瘍與酸過多或鹼過多相關，需要控制胃酸過多或者鹼過多。煎、炸、烤食物，即高脂、高蛋白食物的攝入可影響胃酸分泌，導致膽汁、胰酶分泌過多，影響黏膜穩定性，患者需要控制進食。除高脂、高蛋白食物外，高糖、高 碳水化合物的攝入也會影響胃酸分泌，導致胃酸分泌過多，影響腸道黏膜穩定性，導致酸鹼失衡引起消化道潰瘍。
十二指腸球部潰瘍，指南里推薦口服規律用藥4-6周就可以痊癒，最差也超不過8周基本上可以治癒。有些球部潰瘍屬於難治性，或者十二指腸球部潰瘍伴有併發症，比如出血、穿孔、幽門梗阻，不同情況或者不同人群需要因人而異，但是大部分都是在6周以內就可以臨床治癒。口 服藥物需要注意事項如下：
十二指腸球部潰瘍疼痛的緩解，最主要是通過臨床用藥，球部潰瘍分為有幽門螺桿菌感染的患者、沒有幽門螺桿菌感染的患者。有幽門螺桿菌感染的患者先對幽門螺桿菌進行清除，應用標準胃四聯，目前常用雷貝拉唑、阿莫西林、克拉黴素、膠體果膠鉍進行規範的2周用藥 ，一般情況下對95%以上的幽門螺桿菌感染的球部潰瘍患者都會有清楚的療效。
十二指腸急性穿孔，目前在臨床上已經十分少見，發生十二指腸球部潰瘍穿孔，患者會有腹痛、壓痛、反跳痛體徵，甚至會有板狀腹，要及時去醫院就診。球部潰瘍穿孔首選手術，可以進行內鏡修補，但是需要禁食，在鏡下下營養管，後期涉及到護理。病人通過營養管鼻飼流食，醫院開具營養液維持基本生命體徵，家屬可以燉雞湯、排骨湯、高蛋白食物通過營養管進行鼻飼增強患者抵抗力。下營養管患者的護理要注意，營養管下到小腸以後隔4個小時用溫開水進行1次衝管，以免營養管有堵塞。穿孔的病人到了後期，如果護理和醫療配合恰當會在6-8周臨床癒合，預後良好。
十二指腸球部潰瘍規律治療費用不是很高，幽門螺桿菌感染的患者主要的費用產生在清除幽門螺桿菌的藥物上，幽門螺一般用4聯，1種PPI加2種抗生素還有1種保護胃黏膜的鉍劑。如果規律口服2周費用都很便宜，大概在1000元以下即可。如果球部潰瘍發生併發症，球部潰瘍出血、球部潰瘍梗阻、球部潰瘍穿孔，都需要住院進行治療，住院以後相關檢查包括鏡下治療或者外科治療，球部潰瘍發生梗阻需要探條擴張或者支架植入，費用一般都在10000-30000元之間。後期如果球部潰瘍恢復的不好，或者球部潰瘍出血的患者還需要輸血，輸血的費用基本上每次400元左右。
十二指腸球部潰瘍無需擔心，可以根治。臨床治療主要包括精神、飲食及藥物等綜合性治療。如精神上需避免過多精神壓力，需保持心情舒暢。另外生活作息需有規律，避免使用傷害胃及十二指腸藥物，如非甾體類抗炎藥、免疫抑制劑。藥物治療主要包括H2受體 阻斷劑、質子泵抑制劑及胃黏膜保護藥，通過精神、飲食及藥物治療，可根治十二指腸潰瘍。
病人得了十二指腸潰瘍，出現上腹部疼痛，都跟胃酸往下進入到十二指腸引起潰瘍面的灼傷有直接關係。疼痛一般表現為在進食前疼痛加重，進食以後上述腹痛症狀會相應緩解，這是因為進食會導致胃酸在胃裡被稀釋，所以對十二指腸損傷會相對減輕。單純十二指腸 潰瘍引起的疼痛可以用抑酸藥以及胃黏膜保護劑治療，一般療程在6-8周。