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肌腱自愈能力其實是非常差的，因為肌腱是非常缺乏細胞和非常缺乏血供的組織。當肌腱發生了斷裂之後，是否可以自己長起來主要取決於發生斷裂的這個人的年齡以及撕裂的範圍。如果年齡比較年輕50歲以下的患者，而且撕裂的程度是比較輕的，撕裂範圍沒有超過30%，肌腱功能良好、力量還好，這種情況下可以考慮嘗試給予保守治療。岡上肌的肌腱癒合需要配戴肩關節的外展包，給予岡上肌固定作用，給它生長的機會。如果經過正規的保守治療6個星期之後，岡上肌癒合沒有發生而且力量在不斷地下降，甚至撕裂還在不斷地繼續時，建議儘早採用手術治療，及早解決撕裂的問題。
岡上肌撕裂是肩關節肩袖損傷最常見的問題。大家的生活狀態和肩袖撕裂的程度是息息相關的。如果年齡比較輕而且生活狀態比較好，對運動的要求比較高，可以考慮對肌腱進行關節鏡下微創修復治療。微創下修復治療主要是通過打鉚釘，將斷裂的肌腱重新拉回骨面， 然後讓肌腱與骨面重新癒合，從而形成新的腱骨癒合面，而恢復岡上肌的功能。如果運動要求並不是特別高，而且岡上肌的撕裂範圍也不大，肌肉肌力較好，也可以考慮進行保守治療。具體的治療方法也是配戴肩關節外展支具，配戴時間6周左右。同時在6周之內也要對關節的活動度進行被動訓練，避免關節出現攣縮、僵硬的情況。6周之後可以拆掉支具重新進行復查，觀測肌腱的癒合情況，如果癒合良好就已經過關了。
肌腱斷裂是否嚴重，需判斷肌腱斷裂發生肌腱的位置、功能以及斷裂的程度。全身各處都有肌腱，不同的肌腱有不同的功能，有的肌腱的功能並沒有那麼重要的。如最常見的腓腸肌腱、膕繩肌腱，其實功能並沒有那麼重要，甚至部分手術時需要取肌腱來替代的時，會把這部分肌腱取掉。如果這部分肌腱發生斷裂，並不嚴重完全可以忽略它。如果是重要部位如肩袖的肌腱，或踝關節的跟腱肌腱發生斷裂時，這些肌腱對於生活和正常功能的影響就非常非常重要了。如果在這些部位發生了肌腱斷裂，需及時進行治療。還需判斷肌腱斷裂的範圍，撕裂範圍不超過30%，肌腱功能所剩的起碼還有60%的功能得以維持，主要考慮保守治療為主。但如果跟腱斷裂範圍比較廣，已經超過了30%，建議手術治療。
肌腱斷裂能否治癒最主要還是要看肌腱斷裂的位置，還有病程長短。如果是急性期斷裂，95%以上的患者都可以得到良好治癒。因為新鮮斷裂時，肌腱的長度是足夠的，可以對肌腱斷端進行各種各樣的處理。肌腱中部斷裂，可以用各種各樣的高強度縫線讓吻合起來，從而給它重新癒合的機會。如果靠近跟腱止點斷裂，目前有非常多的鉚釘，可以將斷裂的端重新鉚到骨面上，讓它形成新的腱骨癒合面，從而肌腱癒合。但如果因為各種各樣的原因導致肌腱斷裂的病程非常久才來就醫，此時肌腱已經發生攣縮。比較難以直接將兩個肌腱斷端進行吻合拉到一起，這種情況下肌腱癒合的希望會比前者相對小。但也可以通過各種各樣的方法，如鬆解肌腱或對肌腱進行各種各樣的成形手術，從而對它進行延長，再做第二次癒合，也可以對肌腱進行一部分功能改善。總而言之癒合概率還是比較高的。
不同部位肌腱的損傷有不同的臨床表現。通俗意義上來講，胳膊肌腱產生的損傷，會出現明顯的疼痛，以及肌腱所支配的區域功能的障礙。如胳膊最常見的肩袖損傷，肩袖由四根肌腱組成，包括岡上肌、岡下肌、小圓肌以及肩胛下肌。最常見的是岡上肌腱的損 傷，如果岡上肌腱損傷，可能出現肩關節明顯的疼痛，肩膀抬舉無力甚至有時候不能抬起，這是肩袖肌腱損傷的症狀。如肱二頭肌長頭肌腱也是非常常見的胳膊肌腱損傷的部位，如果二頭肌長頭腱出現損傷甚至斷裂，特別是斷裂，首先會出現明顯的疼痛；其次在屈肘關節的時候會發現上臂中段會有非常大的軟組織性包塊。有些經驗不足的醫生可能會誤診，告訴患者類似於腫瘤，但並非如此，這只是二頭肌長頭肌腱斷裂以後，在局部形成肌肉的聚集區，不是腫瘤。這些是胳膊上常見的肌腱斷裂、損傷的臨床表現。
肩膀周圍肌腱較多，包括由肩胛下肌等四塊肌肉組成的肩袖肌，前側肱二頭肌、長頭肌等，以及外側三角肌，治療肩膀肌腱損傷需先明確診斷損傷部位。可根據不同的肌肉走形進行相應的抗阻試驗，在進行抗阻動作過程中出現疼痛等症狀，可大致判斷出損傷部位，之後可根據 損傷情況進行處理，促進恢復。若為損傷早期，可通過冷敷、制動、抬高患肢等方法進行消腫；若為損傷中後期，可配合蠟療、中頻等理療方法進行治療。
封閉療法指將局部麻醉藥和部分激素類藥物混合後，注射到肌腱周圍腱鞘，以抑制腱鞘炎引起的局部無菌性炎症，起到消炎、止痛等效果。封閉治療是治療腱鞘炎安全有效的方法，多數患者可通過封閉治療取得較好的治療效果，若療效較差，需考慮手術治療。目前封閉 治療可通過超聲引導注射，避免僅依靠醫生手感造成操作失誤，將藥液注入肌腱導致肌腱性質改變，損傷肌腱。
腳趾肌腱斷裂的恢復時間一般約為3-4個月。拇長伸肌腱、跟腱等足部肌腱由於較為表淺，發生損傷的幾率相對較大，如接觸玻璃或銳利刀片等物品，可能對其造成損傷腱。如明確為肌腱斷裂，需進行手術治療，且需長期制動。而腳趾肌腱斷裂的患者需制動3-4周，3-6週期間可主動活動手指，6-8周後，可逐漸增加力量，進行被動的腳趾屈伸活動。