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肝內膽管結石屬於膽石病的一種，其主要的成分是膽色素結石，因此肝內膽管結石飲食和膽囊結石以及肝外膽管結石是一樣的。首先應當注意飲食規律，避免暴飲暴食，避免飲酒。其次還應當以清淡、易消化飲食為主，可以多進食水果、蔬菜、瘦肉、魚肉、豆製品等，比如芹菜、油菜、菠菜、白菜、牛肉，雞肉等。
肝內膽管結石治療的費用有時很難判斷。簡單的肝內膽管結石有時通過一次手術治療即可達到臨床治癒，整體的花費大概在1萬元。而複雜的肝內膽管結石不僅可以造成膽管狹窄和膽管擴張，還容易造成肝臟萎縮，甚至引起膽管細胞性肝癌。
肝內膽管結石在我國屬於常見病和多發病，嚴重程度要根據具體情況而定。在醫院體檢時，很多時候並非肝內膽管結石，可能為肝內鈣化灶。結石一般位於膽管內部，而鈣化灶一般在管腔外面或肝實質間，是由於鈣鹽沉積導致，普遍存在於年輕人和老年人，無需特殊處理。通常可以通過肝膽B超、MRCP檢查明確診斷。
並非所有肝內膽管結石均需手術治療，大部分無需手術處理，除非引起反覆膽道梗阻、膽道感染，才需進行手術，若不手術則膽道梗阻不能解除，膽汁流不出，會形成結石。此外，反覆感染會引起發熱，甚至引起全身感染。膽管結石由於炎症反覆刺 激而導致肝內膽管癌變，如膽管細胞型肝癌，也建議積極手術治療。如果僅發現肝內膽管單髮結石，通常無需處理，也很難處理。
70%的人有肝內膽管結石的說法，可能統計數據不太準確，但是肝內膽管出現小結石或者鈣化灶的患者，發病率在人群中的確較高。此類患者大多數情況不需要進行任何的治療，即不太需要輸液、藥物治療或者手術治療，只需要定期觀察即可。
肝內膽管結石反覆發作40年，首選的治療方法是手術，通過術前的CT、核磁共振判斷後，儘量取淨結石。如果出現肝臟萎縮，可能還需要切除萎縮的肝臟。對於左肝外葉或者右肝後葉的結石，手術取淨結石具有一定難度，可能還需予以肝葉、肝段的切除，以達到取淨結石的目的，使病人獲得良好的治療效果。
多發肝內膽管結石指患者肝內膽管中結石數目多，可侷限在肝臟一段或者一葉，也可存在於整個肝臟，多侷限在左外葉、右後葉，患者可出現腹部疼痛、黃疸。長此以往會導致肝臟左外葉、右後葉萎縮，通常需要切除肝葉，如果不處理，萎縮的肝臟會癌變。