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腦梗塞的治療早期，即超急性期，發病6小時以內需要儘快做相關檢查並明確診斷，給予阿替普酶進行溶栓治療，後續可以進行序貫取栓治療，是一種特效治療，可以改善和打通血管，改善症狀。後續可給予丁苯酞、尤瑞克林改善微循環，可起到腦保護的作用，可用依達拉奉去除氧自由基，保護因為腦梗塞引起的神經損傷，並根據以下病因選用不同藥物進行後續治療：
腔隙性腦梗塞稱為腔隙性腦梗死，並非腦供血不足。部分患者認為血管似堵非堵的狀態是供血不足，在《國際疾病分類第十一次修訂本(ICD-10)》《國際疾病分類第十一次修訂本(ICD-11)》中，沒有上述診斷名詞。
對於腦梗塞患者進行CT或核磁共振檢查，需依據具體情況進行判斷，兩項檢查並不衝突也不矛盾，作用有所不同。從醫生角度而言，若懷疑患者出現腦梗死但並沒有進行檢查時，需進行CT檢查，因需要與腦出血進行鑑別。腦出血與腦梗死患者臨床表現相似，但治療方案不同。
多發性腦梗塞指在大腦多個部位，通過CT或者核磁的檢查，都發現有梗塞灶的出現。多發腦梗塞可能是多次有腦血管病發生，病灶不斷積累，比如多處血管狹窄，或者多個危險因素，未進行腦卒中合理預防，出現卒中復發，可能會出現多發腦梗塞。此外心臟有栓子脫落 ，可能會造成多個部位的腦栓塞，也會出現多發腦梗塞。
腦幹梗死的主要影響，一般與腦幹結構有關。腦幹內有上行網狀激活系統，腦幹梗死時會累及該系統而影響患者的意識狀態，出現昏迷、嗜睡、昏睡等臨床表現。腦幹還存在神經核團如運動神經核團、動眼神經核團、面神經核團等，病變累及以上核團時，可能出現眼球運動障礙、面癱、舌部運動障礙等。
腦梗後手腳麻木的康復訓練，和偏身的運動障礙(偏癱)幾乎同時進行。腦梗後通常出現三偏，偏盲、偏身感覺障礙、偏身運動障礙，因此偏身的感覺麻木和偏癱同時進行康復訓練。康復訓練需要在康復師指導下進行，效果較好，不僅有服藥治療、理療 ，還要有主動鍛鍊和被動鍛鍊。康復訓練時，開始是臥在床上被動進行，之後可以起床、坐著、站著、行走，進行各種各樣的運動，包括手指運動、關節運動、勞動技能恢復訓練等。運動過程中對感覺也有好處，再配合針灸、按摩等，治療偏癱的同時偏身感覺障礙也會得到改善。