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肛瘻的治療首要的方式是手術，肛瘻的複發率之所以有一點點高，是因為絕大多數患者治療肛瘻的時機都比較晚，肛瘻治療最重要的就是早期發現、早期診斷、早期手術治療，初次手術是最關鍵的，這也是決定了肛瘻的複發率高低的根本。
肛瘻手術後傷口出現瘙癢屬於正常現象，因為創面需要癒合，會長出新鮮的肉芽，也會引起患者出現刀口瘙癢的現象。一般選擇洗劑進行坐浴，比如選擇複方苦參洗劑或者複方黃柏液塗劑坐浴，可以起到清熱燥溼、燥溼止癢的效果，可以改善不適。但是由於肛瘻手術後創面的分泌物比較多，有部分患者可能刀口部位的皮膚會出現溼疹。
肛瘻有時會引起肛門周圍腫脹，如果症狀比較明顯應當積極的給予藥物治療快速的消腫。常見的藥物一般可以應用改善微循環的藥物，比如地奧司明片還有消脫止，也可以口服邁之靈300mg，2次/天起到抑制組胺和自由基產生，然後改善微循環，可以使肛周竇道組織快速消腫。
肛瘻術後的疼痛每一位患者都必須要經歷，術後疼痛程度主要和創面的大小以及患者對疼痛的閾值刺激有關。很多患者術後，尤其是第一次排便的時候，疼痛非常劇烈，甚至有心理陰影。減輕對排便的疼痛刺激，首先要控制飲食，一般術後1-2天進流食或者半流食，比如進食蔬菜、水果一類的含纖維素比較高的食物。
寶寶肛瘻自愈後通常不會復發，即通常不會殘留瘻管。寶寶的肛瘻早期，可能是肛周膿腫的表現，即肛門周圍存在膿包，此時處於急性期，醫生可能會進行切開引流的手術，或待其自愈。度過急性期後會形成肛瘻，此時稱為亞急性期或慢性期，會形成肛周的竇道或瘻管樣結構，逐漸會有分泌物或膿性液體排出。
患者肛瘻掛線術後，掛線期間分泌物比較多。掛線主要是慢性切割括約肌，以及引流出瘻管內的髒東西，因此會有較多的比較臭的分泌物流出。20天患者拆線以後，創口生長比較快，填充肉芽開始爬皮，因此拆線後，患者可能有1-2周還會存在分泌物。在完全爬皮以前都會存在分泌物，因此 分泌物的持續時間大概得4-6周，患者不必緊張、害怕。
肛瘻手術如果是全麻手術、腰麻、硬膜外阻滯等，一般6個小時後可以進食。早期可以飲水，術後第2天可以飲用流質飲食，如湯類，包括雞湯、魚湯、排骨湯，還包括稀飯等，各種稀飯均可，還有雞蛋羹也可以食用。一般建議3天的流 質、半流質飲食，3天后可以選擇軟食，如麵條、饅頭、雞蛋、爛肉、魚湯。
肛瘻低位切除術後患者肛門內有傷口，肛瘻是肛管、直腸與肛門周圍皮膚所形成的病理性管道，有低位和高位肛瘻之分。其中低位肛瘻是指位於肛門括約肌以下的肛瘻，由內口、病理性管道和肛周皮膚開口即外口組成，其中內口又稱肛竇腺開口而病理性管道即為瘻管。肛瘻一旦形成便需通過手術治療，臨床稱之為肛瘻切除術。
肛瘻術後復發不分任何時間和年齡，有可能在幾個月或幾年後復發，肛瘻屬於感染性疾病，治癒後如果沒有惡性刺激存在一般不容易復發。肛瘻是臨床一種難以治癒的肛周感染疾病，在治療過程中醫生會針對一個或多個內口以及瘻管高低，採取相應治療手段。多數情況都進行掛線治療，將瘻管徹底切開、切除，使新生肉芽組織向外填充，創面癒合才能使肛瘻頑固性疾病得到治癒。因此在肛瘻手術以後應嚴格遵照醫囑，保證飲食和生活習慣的健康狀態，對預防肛瘻復發較為重要。術後重新復發的原因如下：