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肛瘻做完手術以後傷口癒合約需20-30天，傷口癒合後兩個月仍然存在疼痛感，要注意疼痛是否和原來膿腫時疼痛相同。如果還有跳痛，或者肛門周圍存在腫塊，或有分泌物、流膿，可以判斷是否存在肛瘻復發的問題。
肛瘻手術以後最容易出現、也是醫生和病人共同擔心的有以下兩個併發症：1、肛門功能受到損傷即控便功能下降，患者可能有輕度控便功能異常、稀便控制不良甚至完全失禁；2、傷口假性癒合，假性癒合會造成肛瘻復發。為避免肛門功能下降，患者應該在肛瘻術後 早期進行提肛功能鍛鍊。提肛功能鍛鍊即進行縮肛，每天30-50下左右。鍛鍊的過程也比較痛苦，尤其是在有傷口和創面的情況下進行。患者應該克服痛苦、恐懼的心理，因為手術以後肛門功能一旦減低對生活質量的影響非常大，所以必須進行提肛鍛鍊。如果進行損傷比較大的手術或者創面的傷口非常大，提肛鍛鍊的次數要適當增加，比如每天50-100下，分次進行，一次大概7-8下。持續、多次的提肛一般人很難做到，因為肛門肌肉進行鍛鍊時候非常勞累、疲勞，所以一般一次7-8下，一天分幾次進行，湊齊30-50下。此外，為避免肛瘻術後假性癒合，存在以下兩個方法：1、換藥當中徹底清理傷口，對傷口進行特殊處理；2、使兩側臀部分開，使傷口儘量有一定時間避免兩側完全粘合，也能避免假性癒合的發生；3、如果無法做到分開兩側臀部，則建議進行下蹲動作。下蹲時臀部肌肉都會牽扯著肛門口向兩側張開，所以每天下蹲15-30次左右也有利於預防假性癒合的發生。
肛瘻的複雜程度非常不同，如果是較小的肛瘻，比如裂瘻或者皮下瘻治療起來非常簡單，做完手術以後患者可能1周左右可以完全恢復，因此進行一次手術可以得到根治。但是複雜的肛瘻可能由於感染延展到非常深的位置，比如可以發生到直腸環以上，而直腸環是控制排便的大閘門，如果進展到直腸環以上，肛瘻手術非常困難。如果損傷直腸環，手術以後患者可能出現肛門失禁。如果對直腸環進行徹底的保護，可能對感染灶不能進行徹底的清除。另外由於瘻在皮下蔓延，也可能肛瘻的長度非常長，向下可以發展到大腿甚至於膕窩，向上可以發展到臀部甚至於後背，更遠有報道說發展到頸部、上肢，都是從肛門感染蔓延導致。所以肛瘻是否為大病也與治療是否及時有關。如果不及時治療，肛瘻可以從小病拖成非常嚴重的大病，甚至於嚴重至威脅生命，影響患者手術以後的生活質量。
低位單純肛瘻的複發率比較複雜。首先低位單純肛瘻治療方法現在非常多，手術方法包括切開引流、切開掛線、竇道切除、瘻管剔除、真皮填塞修補等，不同方法複發率也不同。最有效的治療方法是將竇道、瘻管切除，整個瘻管切除以後、感染原和感染灶全部清除以後傷口逐漸癒合，複發率非常低。而如果是採用其它所謂的微創、減少創面的方法，比如真皮填塞，現在還有肛瘻栓填塞，即將部分肛瘻竇道清理乾淨以後，將可以刺激肛門周圍的生長物填塞進去。上述情況相對屬於盲操作，即竇道不能完全打開，可能導致竇道探查並不是百分之百準確，複發率相對高一點，大部分統計在15%-20%之間。而完全竇道切除的複發率極低，可能在10%以下。
肛瘻能否治癒並不根據時間長短決定，而是取決於肛瘻深淺、侵及範圍。因為肛瘻有可能像樹枝一樣到處蔓延，蔓延到部分重要的肌肉，手術以後可能出現嚴重的功能不全，治療起來非常困難。