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小兒肛門狹窄的治療，主要通過外科手術，即肛門成形術治療。患兒只要做簡單的後期成形即可。手術後護理較重要，包括手術後擴肛。患兒手術切開、縫合後創傷較大，部分家長不重視肛門狹窄擴肛，導致患兒術後疤痕再次形成狹窄，甚至比術前狹窄更為明顯。
先天性肛門直腸狹窄為新生兒常見疾病之一，因其胚胎時期的發育不良導致。新生兒發病概率約1/3000。先天性肛門直腸狹窄可導致患兒排便功能障礙。父母及醫務人員應注意新生兒排便情況，同時應採取肛門指檢、鋇灌腸造影等方式對狹窄程度進行評估。如為 高位的先天性肛門直腸狹窄，治療較為複雜，需經多期手術治療。如狹窄部位距肛門較近，可採取肛門成形術進行治療。
先天性直腸肛管畸形為肛門直腸狹窄疾病之一，因患兒胚胎時期的發育不良導致。患者主要表現為便秘、腸梗阻等症狀。治療過程中需結合患者的診斷結果及臨床表現選擇手術方式。如患者為簡單的畸形,如部分肛門狹窄，可逐步通過擴肛進行治療。具體情況需具體分析 ，對於距離肛門<2cm的狹窄，可採取擴肛棒使患兒排出大便，擴肛持續時間約6-12個月，療效較佳。
對於先天性肛門直腸狹窄，首先應觀察患者排便情況。如新生患兒出現腸梗阻等症狀，需採取急診手術做預防的造口，進一步需對患兒何時採取何種肛門成形術進行評估。部分的治療方式如下：