巧克力囊腫的患者，如果沒有引起盆腔黏連以及輸卵管變形，是能夠正常懷孕的，並且懷孕對於巧克力囊腫患者是有利的。巧克力囊腫主要的病因由於子宮內膜異位病灶種植在卵巢輸卵管等器官上，隨著月經次數增多，子宮內膜異位組織會逐漸的增大，形成包裹性的積血，並且患者還可能出現進行性加重的痛經、盆腔黏連、繼發不孕等情況。懷孕後體內雌激素水平降低，孕激素水平升高，巧克力囊腫就會停止生長，甚至是自然消退，故提倡巧囊患者妊娠。