巧克力囊腫是子宮內膜異位到卵巢上，週期性的萎縮壞死，這是子宮內膜異位症的常見類型。可以用非甾體類消炎藥，如吲哚美辛、布洛芬緩釋膠囊等治療。也可以用短效避孕藥，如炔雌醇環丙孕酮片等治療，還可以用孕激素，如醋酸甲羥孕酮、甲地孕酮片、炔諾酮等治療。而且還可以用亮丙瑞林、戈舍瑞林、丹那唑、孕三烯酮等治療。除此之外，還可以用米非司酮等藥物治療。如何用藥，建議在醫生的指導下用藥。