正常巧克力囊腫是子宮內膜異位的病灶，異位到盆腔、卵巢、輸卵管等器官上，形成包裹性的囊性積液，所以巧克力囊腫呈囊性是很正常的現象，並不是十分嚴重。但是由於巧克力囊腫會隨著月經逐漸的增長，有可能發生破裂，並且會發生進行性痛經以及繼發性的不孕、性交痛等。所以一旦患有囊性巧克力囊腫也是應該及時治療的，症狀輕微可以採取gnrh藥物治療3~6個月，如果症狀嚴重就需要手術治療。