巧克力囊腫是卵巢囊腫的一種，屬於子宮內膜異位症的範疇，是一種病理性的卵巢囊腫，是不會自己消失的。而且還有隨著月經的來潮，子宮內膜的脫落，有逐漸增長的趨勢，嚴重的可以引起痛經，月經不規律。如果較小的卵巢囊腫可以用藥保守治療，抑制囊腫的生長，可以使囊腫逐漸縮小，嚴重的需要手術治療，進行卵巢囊腫剝離才可以痊癒。