巧克力囊腫的原因和分娩、生理原因、內分泌因素、輸卵管梗阻、子宮內膜異常、頻繁的性生活、流產、宮外孕等都是有關係的。巧克力囊腫可能會導致女性月經不調，嚴重的會在一定程度上影響月經，引起痛經和不孕的現象。出現巧克力囊腫，需要及時到正規的醫院治療。巧克力囊腫要在經期避免劇烈活動，另外要避免口服避孕藥，應該儘量避免人工流產，更好地預防巧克力囊腫。