卵巢巧克力囊腫屬於子宮內膜異位症的一種，屬於良性疾病。但是臨床上認為如果是雙側巧克力囊腫是比較嚴重的，因為它會隨著月經的來潮，囊腔內的積血逐漸增多，囊腫逐漸增大，痛經的表現也會越來越劇烈，嚴重者也會發生破裂引起急腹症，即劇烈的腹痛，需要立即手術治療。如果治療不及時，會引起盆腔內粘連越來越嚴重。此外，對於孕齡期女性，如果雙側均有巧克力囊腫，就會引起不孕症。