巧克力囊腫主要的發病機制為子宮內膜異位病灶，異位到女性的卵巢、盆腔等其他位置。隨著月經發生逐漸的增大，並且發生盆腔黏連引起腹痛，以及進行性加重的痛經，由於巧克力囊腫的病灶是受到體內性激素水平影響的，所以當月經期發生疼痛時，可以按照治療痛經的方法來緩解，可以使用一些孕激素或者是使用一些抑制前列腺素合成酶的藥物，比如布洛芬或者是雙氯芬酸鈉等。另外也可以肌注6個月亮丙瑞林，可以抑制子宮內膜異位症以及巧克力囊腫的生長以緩解疼痛。