巧克力囊腫是由於子宮內膜異位造成的，發現巧克力囊腫，要根據病人的年齡、囊腫的大小、是否需要生育等，來決定治療方式。如果有生育要求，卵巢囊腫還比較小，可以先服用一些藥物，比如甲羥孕酮、米非司酮等。造成藥物性閉經，使異位的子宮內膜發生萎縮，然後及早懷孕。如果巧克力囊腫大於5cm，及早進行手術治療，可以採取腹腔鏡手術的治療辦法，以免發生扭轉、破裂等併發症。巧克力囊腫有可能會發生復發，手術以後可以服用短效避孕藥進行調理，比如可以服用去氧孕烯炔雌醇片或者屈螺酮炔雌醇片。