巧克力囊腫手術治療可以選擇開腹手術或者是腹腔鏡微創手術，並且根據患者年齡、生育要求、手術切除的範圍也是不同的。如果患者年齡較大且沒有生育要求，近絕經期的女性可以直接將卵巢切除，這樣從根本上可避免巧克力囊腫復發。如果是年輕患者，有生育要求或者是有保留卵巢的願望，那麼就應該行單純的囊腫剝除手術，並且術後要配合亮丙瑞林等藥物治療，可預防巧克力囊腫復發。