雙側巧克力囊腫是比較嚴重的。雙側巧克力囊腫可能會導致痛經、月經失調，甚至會影響受孕導致輸卵管堵塞，從而引起繼發性不孕症，而且巧克力囊腫手術後容易復發。巧克力囊腫多發於25到45歲生育年齡的婦女，是子宮內膜異位症的一種常見形式，是子宮內膜異位到卵巢上所致，內膜異位症會隨著時間增加而變大，造成卵巢不可逆的損害。