自身免疫性胰腺炎的診斷標準，各地的標準有所差異，以亞洲標準為例，具體如下：
第一、影像學檢查：胰腺實質要呈局灶性或瀰漫性增大，並且伴有包塊或低密度的邊緣。針對胰膽管，影像學上會呈現侷限性或瀰漫性狹窄，並且常合併膽管的狹窄。影像學以上兩條必備，屬於自身免疫性胰腺炎在影像學上會導致的改變。
第二、血清學上的檢查：抽血檢查IgG及IgG4會呈現高水平，或者有其他自身免疫性抗體呈現陽性，而血清學檢查只需要具備一項就行。
第三、組織學檢查：如果能夠有組織學的檢查就更具有準確性了，取得胰腺的組織病理並進行檢測，發現有淋巴漿細胞浸潤伴有纖維化，並且有大量IgG4陽性的細胞浸潤。另外，如果能有標本學病理學檢查，也是比較準確的診斷標準。