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支原體肺炎患者存在咳嗽、咳痰的症狀，肺部有幹囉音、溼囉音。輕症患者有時可以自愈，治療則以藥物治療為主。由於支原體沒有細胞壁，通常使用青黴素、頭孢菌素、β-內酰胺類抗生素對支原體肺炎並無治療作用。但阿奇黴素等大環內酯類抗生素，以及左氧氟沙星、莫西沙星等喹諾酮類抗生素對支原體肺炎治療有效。
支原體肺炎並不嚴重，嚴重的是合併肺外感染，比如心功能衰竭、呼吸功能衰竭、泌尿系統損害、中樞神經系統損傷，這部分患兒會比較嚴重。普通支原體肺炎經過儘早診斷、合理用藥後可以早期恢復，避免發生嚴重併發症。
重症支原體肺炎有時會累及重要器官，比如引起心臟、肺、腎、神經系統等器官的功能衰竭，不一定會完全恢復到起病前的功能狀態，可能會遺留慢性心功能不全、慢性呼吸功能衰竭、慢性腎功能不全等情況，中樞神經系統損害最為嚴重，因為病情重、進展快，甚至會危及生命。
臨床中尤其是住院患者中，部分患者確實是持續高燒不退，高燒持續時間比較長，要做出正確合理的檢查和正確診斷。發燒時間需要看是否有合併症，一般是7-14天，甚至更長時間，要根據是否伴有肺外症狀，比如心臟、腎臟、中樞神經系統損害，需要綜合判斷，醫生可以通過臨 床檢查來判斷是不是肺炎支原體感染，是否合併其它感染。如合併其它細菌感染或者混合感染，療程會更長。
有些小孩表現很不典型，有時以發燒起病，有時以刺激性乾咳起病。另外，還有少部分患者不是以呼吸道症狀起病，而是以肺外症狀起病，比如心血管疾病、中樞神經系統疾病，腎臟疾病起病的支原體感染也不少見。
成人支原體肺炎是因支原體感染引起的肺炎，臨床表現主要為發燒，但可能是低熱或中度發熱，很少出現高熱，咳嗽比較明顯，痰較少。實驗室檢查顯示，白細胞較低，與普通細菌性肺炎不同。影像學檢查顯示，雙肺呈間質性改變，和普通細菌 性肺炎片狀影有區別。