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真菌性食管炎即黴菌性食管炎，通常情況是人體免疫力低下的一種表現，常見於艾滋病患者及腫瘤晚期的患者，此外長期應用抗生素亦可導致。對於黴菌性食管炎的治療，目前為使用抗真菌的藥物，同時要加黏膜保護劑，如硫糖鋁凝膠、鋁碳酸鎂等，還要加入一些抑酸藥物，如蘭索拉唑、雷貝拉唑、奧美拉唑、泮托拉唑、艾普拉唑等，可修復食道黏膜。
長期食管炎稱為慢性食管炎，食管黏膜上皮會發生損傷，炎症增生修復，再次損傷再次炎症，再次發生增生，時間久就會癌變。因此，食管炎轉變為食管癌，需要較長時間。患者長期飲食習慣差，比如經常吃辛辣刺激食物，喜歡喝高度烈酒，吃火鍋，喜歡吃辣、燙食物的人容易罹患食管炎。食管炎患者需要改變不良的飲食習慣，切忌暴飲暴食、辛辣刺激飲食，飲烈酒也為不良的飲食習慣，防止反覆刺激食管黏膜。如果食管炎反覆發作，症狀明顯，可以用藥物治療。
食管炎發展為食管癌的時間因人而異，通常病程時間多半超過10年，但不是以症狀出現來計算。實際上大多胃食管反流病患者可能5-8年前就已患有該病，但不一定有症狀，也沒去進行相應檢查，待出現反酸、燒心類症狀後診斷為反流食管炎，此時往後推10年患食管癌，屬於錯誤概念。
食管炎患者主要服用質子泵抑制劑，如奧美拉唑、艾司奧美拉唑、泮托拉唑、雷貝拉唑、蘭索拉唑，還有目前更新的鉀泵抑酸藥，即沃克，以上均可以用來治療食道炎，也是主要的抑酸劑。還可以輔助用促動力藥物，包括莫沙必利、伊託必利、馬來酸曲美布汀 、黏膜修復劑、黏膜保護劑或稱為制酸劑，包括鋁碳酸鎂、鋁鎂加混懸液、複方鋁酸鉍等藥物的規範治療。
嚴重的食管炎症狀多半是食管外症狀，如咽部異物感、慢性咳嗽、哮喘等。如果胃食管反流病即反流性食管炎症狀逐步加重，反流高度越來越高，就會反流到咽部，引起反流性咽喉炎。反流性咽喉炎患者會出現持續的咽部異物感，或者嗓子啞的現象。如果夜間反流症狀比較重，患者反流物會反流到氣道，刺激氣道而引起長期慢性咳嗽，甚至會出現哮喘樣症狀的發作，所以出現上述症狀時，需要較嚴格地控制反流性食管炎。
食管炎癌變幾率並不是特別大，但食管炎和癌變之間確實有聯繫，應根據患者具體炎症情況進行判斷。炎症和癌變之間無論是在食管，還是在其他部位，長期炎症和癌變有較大聯繫，其機制較為複雜。如果患者為反流性食管炎、糜爛性食管炎，且長期存在，反覆處於糜爛、修復的過程，則可能會出現Barrett食管，即食管下段鱗狀上皮被柱狀上皮覆蓋，如果取代的上皮伴有病變，並沒有得到有效控制，且一直在進展，則可能增加食管腺癌的發生幾率。