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神經衰弱的預後一般比較好，即使不接受治療，大部分嚴重神經衰弱的病人也會在2-3年內自然好轉，當然其治療時間比較長。如果接受正規治療，即配合藥物治療和心理治療，也會得到相應恢復。
神經衰弱是一類以大腦容易疲勞和容易興奮交替進行為主要特徵的一類疾病。經過正規治療絕大多數長期的神經衰弱可以得到治癒，單純的神經衰弱預後往往比較好，只有少數多年未愈的神經衰弱，往往合併心理因素、長期緊張、焦慮環境，比如工作、婚姻、家庭、子女教育等原因使個體長期處於緊張環境之下，導致植物神經受到影響產生症狀。
神經衰弱現在指一個基本的概念，泛指頑固性的失眠。神經衰弱概念現在已經基本拋棄，現在睡眠不好主要是由於幾方面原因造成，多數是由於精神因素造成，現在神經衰弱基本上可以和抑鬱、焦慮畫等號，但是不完全等於抑鬱和焦慮。因為神經衰弱範圍很模糊，抑鬱焦慮的問題主要是由於人腦部的神經遞質，如5-羥色胺、去甲腎上腺素缺乏或者是比例不協調造成，可以表現為失眠，情緒的低落、恐懼，可以造成興趣喪失，可以產生敏感焦慮等一種症狀。治療主要是通過藥物，心理治療進行疏導，找到產生疾病的原因加以心理的輔導。藥物治療可通過外源性的藥物補充體內缺乏的5-羥色胺或者是去甲腎上腺素、多巴胺，而現在主要是SSRI類藥，SNRI類的藥，可以適當的配合安眠劑、鎮靜劑，可以使患者的睡眠得到一定程度的改善，使抑鬱焦慮症狀得以緩解。
在綜合性醫院，神經衰弱建議先到神經內科就診。有時其可表現為胃腸功能紊亂、心臟神經官能症，但多次檢查都正常，此時一般也會考慮轉診。神經內科的此類病人要先做規範化評估，因為神經衰弱這一類疾病症狀複雜，可表現為睡眠不好，工作動力下降，懼怕人多的地方以及人格情感問題，這時需要神經科做判斷。因為神經科很多病也會導致病人表現為類似神經衰弱的症狀，容易被誤診。
大部分抑鬱症早期的表現都為神經衰弱樣症狀，而神經衰弱的病人潛意識是在迴避自己抑鬱、焦慮、雙相情感障礙。現代醫學已經證明抑鬱症、雙相情感和焦慮是由於存在腦內物質的異常，也是一種器質性疾病。神經衰弱的症狀多種多樣，早期病人可以有多 種身體不舒服的症狀，可以表現為頭暈、頭昏、頭痛、睡眠不好、飲食不好、做事興趣下降、動力缺失，甚至不能安靜坐下來做一件事情。病人早期時所表現出的抑鬱、焦慮等相關表現時，可能就是神經系統精神科的抑鬱、焦慮問題以及軀體形式障礙問題。神經科醫生能夠從心理精神角度分析，也能夠從結構基礎上分析。不會因為有了這個症狀，就誤認為抑鬱焦慮的病，有些病人是混雜在一起的，需要做鑑別。
神經衰弱可以根據病人的臨床表現做排他性檢查，檢查目的主要是排除其它類似於神經衰弱的疾病，而神經衰弱現在還沒有權威的標準或公認的標準將其查出。確診神經衰弱之後，需要做正規的量表評估，通過量表問卷分析抑鬱、焦慮程 度，進一步支持臨床診斷。現在主要採用輔助診斷手段，結合病人臨床表現，做全面的篩查排除。如腫瘤早期也可以表現為神經衰弱樣症狀，但如果不查就會誤診，這時需要將其排除。
嚴重睡眠不足的病人會掉髮，但掉髮最主要的原因還是情緒。脫髮的原因有很多，很大一部分來源於遺傳，或飲食以及生活不規律導致脂溢性脫髮。脫髮往往不是睡眠直接導致，睡眠導致的脫髮更多的是一種情緒、壓力因素。但是從臨床觀察現象，睡眠改善後情緒方面也有緩和，壓力也會適應得到減緩，情緒刺激的基礎因素被緩解後，反而脫髮情況會緩解。反之，如果情緒壓力非常大，睡眠質量持續不好，也會導致脫髮現象比較明顯。這也屬於臨床常見現象，很多病人以此為主訴就診。
神經損傷引起的疼痛首先要鑑別病因，在找到病因的情況下，去除原發病，緩解神經病理性、神經損傷性疼痛。除了找病因以外，可以通過使用治療神經病理性疼痛的藥物，抑制神經異常放電，減輕神經病理性疼痛。還可以進行神經阻滯，把特 定營養神經的藥物、消除炎症的藥物注射到相應神經發出位置及神經根。比較難治的神經損傷性疼痛可以進行射頻調節、射頻毀損及外周電刺激，緩解神經損傷性疼痛。