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急性骨髓炎的治療原則是早發現早治療，具體治療方法在中醫中藥為清熱解毒，行瘀通絡，西醫主要是抗生素應用和營養支持療法和及時切開引流減壓，防止細菌向其他地方擴散，以解除骨內的壓力。因為這時候病人主要症狀是疼痛，產生膿腫以後，切 開排膿可減輕病人疼痛，減少骨質破壞。如果膿腫排出不及時，不徹底，膿腫會侵蝕骨質，引起骨質破壞，引起病理性骨折，骨質皮質變薄，病人不敢運動。如果穿破關節會引起關節的功能障礙等症狀。總之，治療原則應該堅持中西醫結合，早期治療和綜合治療，單純靠一方法，一種藥物治療會引起病人病情的延誤。
急性骨髓炎治療方法，其中之一是切開引流，主要是以排膿為主，比方小腿的骨髓炎，脛骨骨髓炎為例，切開皮膚以後分離骨膜，如果發現膿腫，用注射器抽取，抽取膿腫以後可以做細菌培養，然後切開骨膜，清除病灶。這時 候如果發現骨頭有破壞，這時皮質需要打孔，打孔的目的是使腔內膿液向外排洩。過去治療的方法主要是以沖洗為主，比如鹽水加抗生素沖洗，主要的目的是把膿液衝出體外，把細菌衝出體外。隨著科技的發展，現在的方法可以放抗生素，緩釋抗生素，然後通過3-4周時間抗生素緩慢釋放，局部高濃度抗生素殺死細菌。這種方法在目前來是一種主流方法，病人痛苦比較少，不需要反覆沖洗等。
骨膜下抽膿液是一種診斷方法也是一種治療方法。因為如果出現急性骨髓炎，骨膜下形成膿腫，病人主要症狀為疼痛，這時候把膿液穿出以後病人的疼痛可以減輕。穿出的膿液也是 一種檢驗方法，因為不同細菌對不同的藥物敏感度不一樣，穿出的膿液應當及時送到實驗室做細菌培養和藥敏，如果培養不出細菌，也可以延長培養時間或者二次培養。總之，骨膜下穿出來膿液一定要正確的及時送到實驗室，培養細菌是治療疾病很重要的一種方法，因為只有找到致病菌選擇敏感抗生素，疾病才可以得到正確治療。
個月不復發其再復發的幾率比較低。慢性骨髓炎治療以後，如果6個月不復發其再復發的幾率也比較低，但是有些骨髓炎也可能幾年或者十幾年不復發，但是並不等於不會復發。骨髓炎的病人不能飲酒，不能吃辛辣刺激性的食物，比如生薑、生蔥、生蒜等。酒對骨髓炎復發比較不好，有骨髓炎的病人應該終身禁止飲酒。
骨髓炎是骨科僅次於骨癌的第二個大疑難症，容易復發，治療分急性和慢性。急性骨髓炎治療比較及時，4周就完全可以治癒。慢性骨髓炎如果病人沒有死骨及竇道，或者沒有骨折或者骨折已經癒合，治療時間應該在1個月左右治好。如果病人合併有骨折，骨折沒 有癒合，需要做骨搬移，需要做截骨等，這時候治療時間會相對延長，一般情況下在45天左右，康復時間一般需要2-3個月。根據不同病情，治療時間也不一樣。急性骨髓炎一般情況下是4周，慢性骨髓炎一般需要6周左右，這個時間是住院時間，並不是這個6周以後不吃藥了，一般情況我們規定，慢性骨髓炎的用藥時間，特別是中醫中藥要到3個月，病人出院以後要及時的複查，術後康復也很重要。
如果是急性骨髓炎，會引起全身的敗血症，感染性休克、腦膜炎等危及生命的狀況，如果不治療病人就有生命危險，如果延誤治療會轉化為慢性骨髓炎，骨質破壞，竇道形成、長期流膿等和病人肢體功能造成障礙。慢性骨髓炎長期得不到治療，局部炎症浸潤 會引起皮膚癌，癌變，如果發生癌變還沒有治療，病人就有生命危險。如果發生癌變，通過局部切除，骨搬移，皮瓣移植等治療是可以治癒，沒有必要截肢，也不會引起病人的生命危險。所以骨髓炎並不可怕要正確對待，早期治療，正確治療。
急性骨髓炎經過治療大部分可以完全治好，不會轉變為慢性骨髓炎，但是治療不及時不徹底，或者治療方法欠妥時，會引起慢性骨髓炎。原因主要是病人治療不及時，細菌已經浸潤到骨質，引起骨質的嚴重破壞，再用藥以後抗生素不能有效的達到骨質部位，局部抗生素濃度比較低，控制不住感染，這時會轉變為慢性骨髓炎。另外病人體質比較弱，有基礎性疾病，抗病能力比較弱，這時候也會轉變為慢性骨髓炎。是否轉變為慢性骨髓炎有兩種情況：
急性骨髓炎最常見的致病菌是金黃色葡萄球菌，其次是溶血性鏈球菌，比較少見白色葡萄球菌和肺炎球菌、大腸桿菌、綠膿桿菌等。因為現在抗生素應用，病人耐藥菌比較多，有一些病人剛開始做血培養就是一個耐藥菌感染，這種情況 主要是抗生素濫用出現的。另外感染金葡菌後通過一段時間的錯誤治療，或者用藥不及時不徹底，細菌會變成淋球菌，或者是金葡菌會合並淋球菌。總之，在治療骨髓炎的時候，儘量要根據細菌培養用藥，因為細菌不斷變化，所以2-3周需要做一次細菌培養，不能按一種細菌一種藥來長期應用，這種情況往往不能受到良好的效果。